日本書紀によると顕宗天皇の3年（437）阿部臣事代が仁那で神のお告げを受け、京に還り天皇に奏上、山城国葛野に神領を賜り、月読尊を祀る神社を創建したのが始まりだそうです。斉衝3年（856）文徳天皇の時に水害を避け、現在の地に移ったそうです。松尾大社の勢力圏内なので古くから松尾大社摂社でした。聖徳太子社は太子が月読尊を信じられていたので太子の徳を称え祀ったといわれ、月延石は安産石ともいわれ、神功皇后の安産に効したので古来より霊験新たと言われています。
月読神社のお守りは袋に「望」の象形文字がデザインされていて、月読神社社務所にて800円で授与できるそうです。